Podstawowy termin zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym wynosi 60 dni od dnia złożenia deklaracji. Termin ten dotyczy zarówno podatników dokonujących sprzedaży opodatkowanej na terytorium kraju, jak i podatników, którzy dokonują dostawy towarów lub świadczą usługi poza terytorium kraju i nie dokonują jednocześnie sprzedaży opodatkowanej.

W sytuacji, gdy przy zwrocie podatku VAT potrzebna będzie dodatkowa weryfikacja, termin zwrotu przedłuża się do czasu jej zakończenia. Jeśli urząd skarbowy stwierdzi zasadność zwrotu VAT, wypłaca podatnikowi kwotę powiększoną o odsetki. Jeśli weryfikacja doprowadzi do wydłużenia terminu, różnicę podatku można otrzymać w ciągu 60 dni od złożenia wniosku wraz z zabezpieczeniem majątkowym.

Możliwe formy zabezpieczenia majątkowego określone są w art 87 ust 4a Ustawy o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004 roku.

Podatnikowi, który w danym okresie rozliczeniowym nie wykonał czynności opodatkowanych w kraju oraz dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju – zwrot VAT przysługuje w ciągu 180 dni od dnia złożenia deklaracji.

Jest to jedyny przypadek do zwrotu w tym terminie określony przez ustawodawcę. Na pisemny wniosek podatnika, urząd skarbowy może dokonać zwrotu w ciągu 60 dni, jednak wówczas wymagane jest zabezpieczenie majątkowe w kwocie odpowiadającej wnioskowanemu zwrotowi podatku VAT.

Ustawodawca dodatkowo określił skrócony termin zwrotu różnicy podatku, który wynosi 25 dni – licząc od dnia złożenia deklaracji przez podatnika.

Zgodnie z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, aby możliwy był zwrot w terminie 25 dni muszą być spełnione łącznie następujące warunki:

• kwoty podatku naliczonego wykazane na deklaracji z dokumentów rozliczanych w bieżącym okresie rozliczeniowym, wynikają z:
• faktur zapłaconych w całości za pośrednictwem rachunku bankowego podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo rachunku podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazanego w zgłoszeniu identyfikacyjnym (złożonym druku CEiDG),
• pozostałych faktur (innych niż wymienione powyżej), jeśli łączna kwota należności z nich wynikająca nie przekracza kwoty 15 000 zł. Dla tych faktur nie ma wymogu aby były opłacone czy też opłacone w określonej formie.
• dokumentów celnych, deklaracji importowych oraz decyzji, o których mowa w art. 33, ust. 2 i 3 oraz art. 34 o ile zostały zapłacone przez podatnika,
• importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji,
• kwota podatku nierozliczona w poprzednich okresach (kwota z przeniesienia na danej deklaracji) nie przekracza kwoty 3 000 zł. Przepisy nie wskazują na to czy faktury, z których wynika ta kwota VAT mają być opłacone czy też opłacone w określonej formie,
• podatnik złożył w US dokumenty potwierdzające zapłatę podatku z rachunku podatnika wskazanego w zgłoszeniu identyfikacyjnym – wymóg ten dotyczy przedstawienia dokumentów potwierdzających zapłatę faktur, o których mowa wcześniej (pierwszy warunek w pierwszym punkcie),
• podatnik przez kolejne 12 miesięcy poprzedzające okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o przyspieszony zwrot był, zarejestrowany jako podatnik VAT czynny oraz składał za każdy z tych okresów deklaracje VAT.