Płatnicy podatku VAT jeszcze przed dniem wykonania pierwszej czynności związanej ze swoja działalnością gospodarczą, są zobowiązani do złożenia deklaracji VAT-R. Nie muszą tego robić podatnicy zwolnieni z opłat podatku ze względu na limit obrotów lub zwolnienie przedmiotowe. Oczywiście zawsze mogą oni złożyć takie zgłoszenie.
Naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika i potwierdza to na druku VAT-5. Określa go jako „podatnika VAT czynnego” lub w przypadku podatników korzystających ze zwolnienia – jako „podatnika VAT zwolnionego”.
Przepisy o VAT nie określają jasno, od której chwili podmiot składający VAT-R staje się podatnikiem zarejestrowanym. Jakkolwiek, zgodnie z art. 96 ust. 4 ustawy o VAT naczelnik rejestruje podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie, trzeba wiec uznać, że rejestracja następuje w chwili złożenia tego zgłoszenia w urzędzie skarbowym.
Warto pamiętać, że złożenie deklaracji VAT-R jest niezwykle ważne dlatego, że jej brak pozbawia podatnika prawa do odliczania podatku naliczonego. Zgodnie z art. 88 ust. 4 ustawy o VAT, zmniejszenia sumy albo odzyskania różnicy podatku należnego nie stosuje się do płatników niezarejestrowanych jako podatnicy VAT czynni.
Druk rejestracyjny VAT-R składają przedsiębiorcy, którzy rozpoczynają wykonywanie czynności podlegających opodatkowaniu, a także ci, którzy uaktualniają dane wykazane w poprzednio złożonym zgłoszeniu.
Przymus powiadamiania urzędu skarbowego o zmianach danych w formularzu VAT-R w ciągu 7 dni, wynika z art. 96 ust. 12 ustawy o VAT.
Zgodnie z tym przepisami, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla podatnika z rejestru podatników, jeśli w kontroli okaże się, że podatnik nie istnieje lub mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem albo z jego pełnomocnikiem.